証憑書類の保存期間は、ものによって5年又は7年です。７年間保存しておくとよいと思います。

原始証憑は事務所で管理なさる先生もいらっしゃいます。紛失したりするのを防ぐためです。ですので、税理士等に依頼する場合は、スキャナーで読み取り、電子データをDropboxやメール等でやりとりする方法もあります。郵送コストも馬鹿になりません。 

スキャナはScanSnapがお勧めです。両面出来ますし速いです。

契約書、請求書、領収書などが該当します。なお、着手金にも必ず請求書（領収書）を発行して下さい。消費税や源泉所得税も発生致します。

日々の現金支出を現金出納帳に記帳すること。尚、領収書等は現金用ファイルへ保存。

履歴書、雇用契約書、退職届、給与明細、社会保険関連、年末調整資料など。

出来れば支払予定も記載したいところでしょうか。これは現金払いのものは現金ファイル、振込の場合は預金ファイル等に。預金のファイルは口座毎に作成した方が、後々混乱が無くてスムーズに管理出来ます。

従業員の立替払い関連は、エクスペンスレポート（経費精算書）等で管理して下さい。忙しくても、やはり毎月管理が望ましいと思います。

顧客毎に預かり金口座は管理した方が望ましいと思います。これも頻繁にあるようでしたら毎月管理して残高を合わせておきたいところです。

その他契約書です。該当する代表的なものとしては、銀行取引契約書や事務所の賃貸借契約書等でしょうか。