司法書士の先生で、まず思い浮かぶのはいわゆる行政手数料（登録免許税や印紙税等）の立替払いでしょうか。これらは本来お客様が負担すべきものですので、立替払いしたときは「立替金」、お客様から入金がなされたときは、「立替金」の取崩しとして経理処理することが宜しいかと思います。 

当然ですが、この行政手数料は事務所の売上ではありませんので、消費税の課税売上高ではなく、また源泉所得税の対象でもありません。 

請求書にも区分しておくようにして下さい。

  お客様が法人の場合等には、いわゆる司法書士報酬に対して、源泉所得税を天引きしてもらい、この源泉所得税を国に納税して貰います。この源泉所得税は事務所の所得税の前払いであり、確定申告により精算されますので、年末の源泉所得税の集計にもご留意下さい。 

尚、司法書士の先生の報酬にかかる源泉税は（報酬の額−１万円）×10.21％です。

必要経費(いわゆる経費)についても業務に関連するものを適切に経理して下さい。